Unul dintre cei mai controversați conducători ai vremii sale, Frederic era cunoscut pentru ambițiile sale grandioase, atât în domeniul politic, cât și în cel cultural. Implicat într-un conflict de-o viață cu papalitatea — aflată la mijloc între posesiunile sale din nordul Italiei și Regatul Siciliei din sud — împăratul a fost excomunicat de două ori, din cauza ambițiilor sale și a lipsei de respect față de autoritatea papală. Pe lângă titlurile de Împărat al Sfântului Imperiu Roman și Rege al Siciliei, Frederic a fost și rege al Germaniei și al Ierusalimului, dobândind acest ultim titlu după ce l-a detronat chiar pe socrul său, pentru a-și atinge un scop pe termen lung.
Frederic era renumit pentru curiozitatea sa științifică și pentru măsura extremă la care ajungea în căutarea cunoașterii și a adevărului empiric — un lucru care i-a fascinat, dar și îngrozit pe contemporanii săi.
Căsătorit de cel puțin trei ori, Frederic a avut opt copii legitimi și nenumărați amanți și copii nelegitimi de-a lungul vieții. Cu toate acestea, nu a reușit să asigure continuitatea dinastiei sale, iar după moartea sa bruscă și neașteptată, în 1250, familia sa nu a mai dăinuit mult.
Frederic al II-lea de Hohenstaufen, omul supranumit de contemporanii săi „stupor mundi” — adică „uimirea lumii” — a fost o figură remarcabilă. Deși mulți nu ezitau să-și exprime opiniile despre acest conducător controversat, Frederic rămâne, din multe puncte de vedere, o figură umbrită de zvonuri, mistere și mituri. Multe aspecte ale vieții și domniei sale continuă să fie neclare și inexplicabile.
Unul dintre aspectele mai întunecate legate de Frederic provine din poveștile relatate de un călugăr numit Salimbene di Adam, contemporan al împăratului. Călugăr franciscan italian, originar din Parma, Salimbene s-a alăturat ordinului în 1238, împotriva voinței tatălui său, și a scris mai multe lucrări de-a lungul vieții. Cea mai celebră dintre ele este Cronica (Cronica sau Chronicle), dar o altă scriere de mare relevanță pentru studiul lui Frederic este Cele douăsprezece calamități ale împăratului Frederic al II-lea.
Scopul acestei lucrări era să scoată în evidență defectele și natura imorală a împăratului — lipsa lui de pietate creștină, dezinteresul față de Biserica Romei și comportamentul considerat lipsit de morală. Lucrarea conține o serie de exemple vii și detaliate menite să ilustreze pe deplin răutatea împăratului. Printre cele mai oribile fapte pe care călugărul i le atribuie se numără experimente atroce pe oameni, realizate în timpul domniei sale.
Potrivit lui Salimbene, Frederic a făcut uz de prizonierii aflați sub controlul său. Într-un caz, împăratul ar fi poruncit ca un deținut nefericit să fie închis într-un butoi de lemn, fiind lipsit de hrană și apă până când, în chinuri groaznice, a murit. Procesul a fost observat cu atenție de la început până la sfârșit, mai ales în momentul morții, când s-a făcut o gaură în butoi cu un scop ce urma să devină clar: Frederic voia să vadă dacă sufletul uman poate fi observat în clipa în care părăsește trupul.
Într-un alt experiment, și mai grotesc, împăratul ar fi ordonat ca doi prizonieri să primească aceeași masă copioasă. După ce au mâncat, unul a fost trimis la vânătoare, iar celălalt trimis la culcare, să doarmă. Ceea ce ei nu știau era că împăratul intenționa să observe efectele exercițiului și ale somnului asupra digestiei. Câteva ore mai târziu, ambii au fost uciși, iar stomacurile lor au fost deschise pentru comparație — ca Frederic să afle care dintre activități influențase mai mult procesul digestiv.
Poate cel mai tulburător dintre toate, potrivit relatărilor lui Salimbene, a fost experimentul cu sugari. Originea limbajului uman îl fascina pe împărat, care a dorit să descopere limba originară a omenirii, cea vorbită de Adam și Eva în Grădina Edenului.
Pentru a afla acest lucru, el a poruncit ca un grup de bebeluși să fie crescuți de doici, însă cu instrucțiuni stricte:
Tragic, experimentul nu i-a oferit niciun răspuns: toți copiii au murit, lipsiți de dragoste, căldură și contact uman. Nu se știe câți bebeluși au fost folosiți, nici de câte ori s-a repetat experimentul, dar cert este că a fost un act crud și lipsit de valoare științifică.
Dacă există chiar și un sâmbure de adevăr în relatările lui Salimbene, imaginea împăratului este una înfiorătoare. Totuși, ce dovezi avem pentru aceste afirmații senzaționale? Este clar că Frederic manifesta un interes profund — uneori obsesiv — pentru științele naturale și biologie. Curiozitatea sa se reflecta și în preocupările zilnice, nu doar în aceste experimente controversate.
El a creat mai multe rezervații de animale în regatul său, cea mai impresionantă fiind un habitat natural pentru păsări de apă, întreținut pe cheltuiala proprie. Deținea numeroase animale, inclusiv exotice, pe care le lua adesea cu el în călătorii — pantere, lei, leoparzi, cămile — și care atrăgeau curiozitatea oricui îl întâlnea.