În noaptea de 12 spre 13 iunie 1941 a început primul val al deportărilor staliniste din Basarabia și nordul Bucovinei. Aproape 22.000 de oameni, din 3.470 de familii, au fost arestați și urcați cu forța în trenuri marfare, fiind deportați în Siberia și Kazahstan.
Operațiunea a avut drept scop distrugerea elitelor locale — primari, intelectuali, ofițeri, polițiști și membrii partidelor politice din perioada interbelică. Bărbații au fost separați de familiile lor și trimiși în lagărele GULAG, unde puțini au supraviețuit, iar femeile, copiii și bătrânii au fost deportați în regiuni îndepărtate și neprimitoare ale Uniunii Sovietice.
Transportul a durat până la trei săptămâni, desfășurându-se în condiții inumane: în plină vară, deportații primeau câte 200 de grame de apă pe zi și doar pește sărat. Cei care mureau pe drum erau îngropați sumar sau lăsați în câmp deschis. Ajunși la destinație, supraviețuitorii erau obligați să muncească în condiții grele, în întreprinderi forestiere, sovhozuri și cooperative.
Deportările au provocat destrămarea comunităților locale, sărăcirea satelor și instaurarea fricii, care a marcat profund structura socială și identitară a regiunii. Subiectul a rămas tabu mulți ani, orice discuție despre aceste crime fiind interzisă în perioada sovietică.
După valul din iunie 1941, au urmat alte două mari valuri de deportări în RSS Moldovenească: în 5-6 iulie 1949, când au fost vizați în special oamenii înstăriți, și în 31 martie – 1 aprilie 1951, când au fost deportați membrii comunităților religioase „Martorii lui Iehova” și inochentiștii.
Deși statisticile sovietice indică aproximativ 70.000 de persoane deportate între 1941 și 1951, istoricii din Republica Moldova consideră că numărul real al victimelor a fost mult mai mare.
