Peste 600 de biserici și 21 de mănăstiri cu statut de monument istoric din Republica Moldova se află în prezent în gestiunea Mitropoliei Chișinăului și a Întregii Moldove, subordonată Patriarhiei Ruse, în baza unui contract semnat cu Ministerul Culturii în 2003, în timpul guvernării comuniste. Acest aranjament contractual, criticat pentru lipsa de transparență și control, a devenit miza unui litigiu îndelungat între Mitropolia Moldovei și Mitropolia Basarabiei, afiliată Patriarhiei Române.
Potrivit unei investigații publicate de Rise Moldova, statul moldovean a preluat după 1991 dreptul de proprietate asupra edificiilor religioase confiscate în perioada sovietică și le-a inclus în patrimoniul național. În 2002, Guvernul Tarlev a adoptat o hotărâre care permitea oricărei comunități religioase să semneze contracte directe de folosință gratuită cu Ministerul Culturii. Însă în ultima zi a anului, prevederea a fost modificată, eliminând comunitățile locale din proces și atribuind acest drept exclusiv „organelor ierarhic superioare” – adică mitropoliilor.
Astfel, la începutul anului 2003, ministrul Culturii de atunci, Veaceslav Madan, a semnat un contract de colaborare cu mitropolitul Vladimir, prin care Mitropolia Moldovei a devenit gestionara de jure a celor circa 650 de locașuri religioase protejate de stat. În 2008, printr-un nou contract, i-au fost atribuite și 21 de mănăstiri pentru o perioadă de 50 de ani.
După recunoașterea Mitropoliei Basarabiei de către CEDO, în 2002, autoritățile moldovene au fost acuzate că au favorizat Mitropolia Moldovei pentru a limita extinderea celei afiliate Patriarhiei Române. În prezent, preoții care decid să treacă la Mitropolia Basarabiei riscă să piardă bisericile în care slujesc, întrucât contractul din 2003 este folosit în instanță pentru a-i înlătura.
Litigiul intentat de Mitropolia Basarabiei pentru anularea contractelor durează de aproape 15 ani și a trecut prin mâinile a circa 50 de judecători. În 2023, Curtea de Apel Chișinău a anulat cele două contracte, însă dosarul a ajuns din nou la Curtea Supremă de Justiție (CSJ), unde a fost amânat de patru ori. Pe 31 martie 2025, judecătorii au anunțat că decizia finală va fi publicată pe pagina web a CSJ.
Ministrul Culturii, Sergiu Prodan, a recunoscut că înțelegerile semnate în trecut „nu asigură protejarea suficientă a patrimoniului național” și că Ministerul Culturii a cedat responsabilitatea fără o înțelegere deplină a valorii și obligațiilor legale legate de aceste monumente.
